Eerste publicaties over het coronagenoom zijn niet gedetailleerd genoeg

Bio-informaticus Frederik Coppens (VIB) wijdt de zwaktes van de eerste onderzoeken aan tijdsdruk. Die zwaktes kunnen de strijd tegen het virus vertragen.

Om de strijd tegen het coronavirus zo gestroomlijnd mogelijk te kunnen voeren, is het essentieel om het zo gedetailleerd mogelijk te doorgronden. Relatief snel na het besef dat er een nieuw virusprobleem was opgedoken, begonnen er stalen van het virus te circuleren voor analyse. De tijdsdruk impliceerde dat er ook snel wetenschappelijke publicaties kwamen, die misschien niet altijd volgens de geplogenheden werden afgehandeld. Nood breekt wet.

Het is cruciaal dat wetenschappers elkaars informatie kunnen bekijken en eventueel opnieuw analyseren. Bio-informaticus Frederik Coppens (VIB) onderzocht met internationale collega’s vier vroege publicaties waarin het genoom van het virus beschreven werd. Genoomanalyse is essentieel, onder meer om een efficiënt vaccin tegen het virus te kunnen ontwikkelen. Als er fundamentele fouten in de gepubliceerde genomen zitten, kan dat medische ontwikkelingen met maanden vertragen.

‘Van die vier publicaties was er slechts ééntje dat ook de ruwe gegevens beschikbaar maakte’, stelt Coppens. ‘Ook de manier waarop de analyses gebeurden, werd maar in één geval bekendgemaakt. Nochtans zijn beide elementen essentieel om de kwaliteit van het werk te kunnen evalueren. Een genoomanalyse is geen eenvoudige meting. Nu blijft het toch nog een beetje tasten in het duister. Het zou ook nuttig zijn dat we de basisgegevens van verschillende stalen kunnen vergelijken, om na te gaan of het virus snel kan veranderen. In feite hebben we nu niet meer dan een paar snapshots. Dat is weinig voor een gedegen evaluatie.’

Coppens is een promotor van Open Science: het gratis ter beschikking stellen van, in zijn geval, software om grote gegevensbanken te analyseren. Op het platform usegalaxy.be zijn honderden (en tegen de zomer duizenden) softwareprogramma’s uit de hele wereld beschikbaar die iedereen, na registratie, vrij kan gebruiken. Het project gebeurt in samenwerking met het Vlaams supercomputercentrum.

De basisgegevens niet ter beschikking stellen heeft niet per se te maken met kwade wil of misplaatste competitiegeest. Het kan zijn dat er door de vereiste snelheid van publiceren geen tijd voor was, of dat onderzoeksgroepen er onvoldoende ervaring mee hebben. ‘Een teer punt is altijd privacy,’ zegt Coppens, ‘want in de stalen die genomen worden van longvocht van patiënten zit ook menselijk DNA. Er zijn mogelijkheden om dat te onderscheiden en vóór de analyse weg te halen, maar als wetenschappers niet weten hoe ze ermee moeten omgaan kunnen ze in de fout gaan.’

Kennis van de basisgegevens van meerdere coronavirusgenomen kan inzicht bieden in de manier waarop het coronavirus zich verspreidt. Het virus dat hevig toeslaat in Italië en andere delen van Europa is niet exact hetzelfde als dat wat in China in de mensenwereld dook. Hoe sneller een virus kan veranderen, hoe moeilijker het zal zijn om er een efficiënt vaccin tegen te ontwikkelen.

‘Een globale aanpak met open geest is van het allergrootste belang als we snel greep willen krijgen op het coronavirus’, aldus Coppens. Momenteel werkt hij met zijn collega’s aan de doorlichting van nieuwe studies van het virusgenoom, in de hoop op nieuwe inzichten.